Queen Elisabeth National Park är med Östafrikanska mått mätt inte en speciellt stor nationalpark men den är trots detta rik på djur och har en förvånansvärt varierad natur. De mest besökta områdena för safaris är den norra delen av parken kring Kazingakanalen som sträcker sin från Lake George i norr till Lake Edward i söder. Varken Lake George, som ligger helt i Uganda, eller Lake Edward som till hälften ligger i DR Kongo, ligger helt inne i nationalparken. Lake Georges södra och östra strand ligger utanför parken och sjön används av lokala fiskare. Även Lake Edward används av fiskare.
Den norra delen av parken, på båda sidor om Kazingakanalen domineras av öppen savann. Detta område är populärt för game drives och safari i båt på Kazingakanalen. I området finns en hel del stora djur däribland elefant, vårtsvin, buffel, Uganda kob (en sorts antilop), lejon, hyena och en mängd fåglar. Området är mycket populärt bland fågelskådare då de många sjöarna, vårmarkerna och floderna lockar till sig otroliga mängder fåglar. På eftermiddagarna kommer många djur ner till Kazingakanalen för att dricka och svalka sig, framförallt under den torraste säsongen, juni till oktober. En båttur på kanalen ger god chanser att se mängder av stora djur och även mycket fåglar.
Söderut i parken ligger Maramagambo Forest som främst besöks av fågelskådare men som förutom fåglar även är hem till en del stora däggdjur och flera olika sorters apor.
Längs nationalparkens östra gräns ligger förkastningen Kyambura Gorge som är ett populärt ställe för att se schimpanser. Det finns en del schimpanser nere i klyftan men schimpanser är lättare att se i Kibale Forest National Park några timmars bilresa norr om QENP.
Längs söderut i parken ligger återigen öppen savann i området som heter Ishasha. Ishasha är känt för att vara ett av få ställen där lejon ofta klättrar i träd och det är populärt att försöka se och fotografera de trädklättrande lejonen i Ishasha. Ishasha är ett bra safariområde med en hel del stora gräsätare och hyggliga chanser att se lejon.
Queen Elisabeth National Park är unik på så sätt att djuren delar parken med människorna i fyra små fiskebyar som ligger helt inne i parken. När parken skapades 1964 tilläts dessa byar vara kvar. De som bor i byarna livnär sig mestadels på fiske.